联合共建创新团队作为中国科学院北京分院与我院全面合作的一项重要工作内容，以首都发展中的重点、难点、焦点问题为主攻方向，成功嫁接中央在京科技智力资源，充分发挥院地合作联合研究中心科研组织体系优势，通过聘请中科院的中青年专家指导重大项目研究，为我院人才培养提供支撑，为两院联手破解首都发展难题架起了桥梁，为首都经济和社会的发展集结了创新的力量。

 2007年，我院的创新团队人才培养专项首次向中科院开放，提供培养经费90万元，与中科院理化所、大气物理所、化学所、过程所、生态中心、植物所等单位共同组建两院联合创新团队。经过一年的合作，6支团队共凝练符合北京市社会经济发展需求的项目共22项，其中获取有关经费支持的达8项，联合发表论文4篇，其中有3篇为SCI收录。

两院联合创新人才团队计划的实施，既做到了学科交叉、优势互补、体现前沿，又吸引了大批中科院专家关注北京、关注首都发展。中科院大气物理所团队融入首都“蓝天工程”。团队项目“多模式集合准业务化的北京市大气污染模拟、预测与预警系统”的应用，预测了2007年7~9月北京，特别是奥运场馆附近主要大气污染物的浓度分布情况，对超标污染物进行了移动预警，并预测了各种排放情景下，2008年奥运期间北京特别是奥运场馆的空气质量情况，为污染物预报预警、政府制定合理的控制方案提供主要技术支撑。中科院生态中心与我院轻工环保所携手破解首都“碧水难题”，联合团队开展了保障首都水质安全的高新技术研究：“首都农村饮用水安全保障及供水系统技术转化平台建设”：针对北京市农村饮用水存在对人体有害的微量物质（砷、氟、等）超标问题，研究适宜的高效除氟、除砷等净水技术和安全供水系统，解决农村饮用水安全问题；团队还合作承担了国家“863”计划导向性项目“集约化畜禽养殖废水中抗生素及重金属处理关键技术研发与集成”，构建高效低能耗的畜禽养殖废水处理良性循化运作模式，得到了国家256万元的经费支持。中科院化学所与我院射线中心联合创新人才团队将化学所在高分子材料制造、结构控制等方面的优势与射线中心在高分子材料表面化学修饰方面的特长充分结合，优化了锂离子电池隔膜的生产工艺，为打破国外技术垄断，提升首都在能源产业的竞争力和科技水平奠定了基础。

2008年3月，随着《北京市科学技术研究院创新团队计划管理办法》的出台，两院联合创新人才团队步入了制度化、规范化管理阶段，经过专家组的评审，植物所王宇飞团队、生态中心杨敏团队、工程热物理所朱俊强团队、政策所陈安团队、理化所只金芳团队和大气物理所蒲一芬团队等6支团队顺利入选2008年两院联合创新人才团队培养计划。他们将继续与我院的中青年学术带头人一起，围绕首都城市生命线安全、污染土壤修复、城区灰霾天气监测与污染治理等多个技术难题，开展联合攻关，不断为两院合作注入新的力量。