北京市科委积极推动国家重大专项落户北京的对接工作，以此提升北京重大科技基础设施、科技资源对全国相关领域的支撑作用和对行业发展的促进作用。目前已有2项重大项目初步确定落户北京。

一是极大规模集成电路制造技术及成套工艺。北京市科委组织推荐了多位专家进入专家组，积极参加编制工作；联合北京市工促局牵头组织相关企业与该专项对接的工作，并向专家组提交了“北京市‘十一五’集成电路装备产业的发展建议”等相关规划以及项目建议书等材料；配合国家科技计划支持并完成了集成电路制造装备重大研发项目，为北京实现集成电路装备制造业的核心技术突破，对接国家重大专项奠定了基础。二是艾滋病和病毒性肝炎等重大传染病防治。北京市科委与牵头部委沟通，了解专项进展，整合北京资源，建立队伍，搭建平台，与国家专项对接。北京市科技重大项目“北京病毒性肝炎诊断治疗”及相关科技成果对该重大专项的方案编制产生了积极的影响，为此北京被列为专项的第一示范区。